Krokodyle

Krokodyle (Crocodilia) – rząd dużych gadów drapieżnych z grupy zauropsydów, wiodących ziemno-wodny tryb życia. Pojawiły się 83,5 mln lat temu (czyli w późnej kredzie). Są najbliższymi krewnymi ptaków i jedynymi prócz nich przetrwałymi do dziś archozaurami, a także jedynymi współcześnie występującymi członkami kladu Crurotarsi. Członkowie grupy Pseudosuchia, obejmującej krokodyle, pojawili się około 250 milionów lat temu w epoce wczesnego triasu. Różnicowały się w mezozoiku. Rząd krokodyli obejmuje jednak tylko rodziny krokodylowatych, aligatorowatych (w tym kajmany) i gawialowatych.

Duże, solidnej budowy, jaszczurkowatego kształtu krokodyle cechują się długimi, spłaszczonymi pyskami, bocznie spłaszczonym ogonem oraz ułożeniem oczu, uszu i nozdrzy na szczycie głowy. Świetnie pływają, na lądzie poruszają się chodem wysokim bądź niskim. Mniejsze gatunki zdolne są do galopu. Grubą skórę pokrywają niezachodzące na siebie łuski. Paszczę wypełniają haczykowate zęby kształtu stożkowatego. Dysponują wielką siłą zgryzu. Wyróżnia je czterokomorowe serce, podobne do ptasiego, oraz jednokierunkowy przepływ krwi przez płuca. Z innymi gadami łączy je zmiennocieplność.

Zamieszkują głównie niziny tropikalne, ale aligatorowate żyją również na południowym wschodzie USA oraz w chińskiej rzece Jangcy. Są w większości mięsożerne, w skład ich diety mogą wchodzić ryby, skorupiaki, mięczaki, ptaki i ssaki. Niektóre gatunki wyspecjalizowały się w odżywianiu jednym typem pokarmu, jak gawial gangesowy, odżywiający się głównie rybami, podczas gdy inne, jak krokodyl różańcowy, mają urozmaiconą dietę.

Zazwyczaj wiodą samotny tryb życia, przejawiają terytorializm, choć zdarza im się współpraca w pozyskiwaniu zdobyczy. Podczas rozrodu dominujący samiec stara się uzyskać wyłączny dostęp do gotowych do zapłodnienia samic. Samice składają jaja w zagłębieniach, przykrywanych następnie kopcem. W przeciwieństwie do większości gadów występuje opieka nad potomstwem.

8 gatunków znanych jest z tego, że ich przedstawiciele dokonują ataków na człowieka; za największą liczbę ataków odpowiada krokodyl nilowy. Z kolei ludzie stanowią zagrożenie dla populacji krokodyli poprzez polowania, mające na celu pozyskiwanie skór, i destrukcję siedlisk. Farmy hodowlane znacznie zmniejszyły nielegalny obrót skórami. Przedstawienia krokodyli w literaturze i sztuce pojawiały się w kulturach ludzkich przynajmniej od Starożytnego Egiptu. Najstarsza znana wzmianka o krokodylu płaczącym po swej ofierze pochodzi z IX wieku, rozpowszechniła się dzięki Johnowi Mandeville’owi w XV wieku, a następnie Szekspirowi na przełomie XVI i XVII wieku.

Nazwa krokodyle i Crocodylia wiążą się z nazwą rodzajową Crocodylus (Laurenti, 1768). Nazwę dla rzędu zaproponował Richard Owen w 1842, zapisując ją z użyciem litery i^[1]. Greckie słowo κροκόδειλος (crocodeilos) oznacza zarówno jaszczurkę, jak i krokodyla nilowego^[2]. Przypuszcza się^[3], że ten grecki wyraz pochodzi od κρόκε (kroke), kamyków, i δρîλος lub δρεîλος (dr(e)ilos), robaka. Nazwa ta może odnosić się do zwyczajów zwierzęcia, wylegującego się na kamienistych brzegach Nilu^[4].

Do krokodyli – oprócz współcześnie żyjących przedstawicieli tego rzędu – tradycyjnie zaliczano wszystkich wymarłych przedstawicieli kladu Crocodylomorpha oprócz tych z grupy Sphenosuchia, być może parafiletycznej. Część autorów zaliczała do krokodyli także Sphenosuchia^[5]. Tak szeroko rozumiane krokodyle pojawiły się na Ziemi około 220 mln lat temu, w okresie triasu^[6].

W latach 80. XX wieku, wraz z rozwojem klasyfikacji opartej na zasadach kladystyki, zaczęto postulować, by do rzędu Crocodilia zaliczać tylko współcześnie żyjące krokodyle i wszystkich innych potomków ich ostatniego wspólnego przodka; większy klad obejmujący tak rozumiane krokodyle i wszystkie inne krokodylomorfy (oprócz Sphenosuchia) miał nosić nazwę Crocodyliformes^[7]. W późniejszych publikacjach zaproponowano kilka definicji filogenetycznych tak rozumianych krokodyli; Brochu (2003) zdefiniował Crocodylia jako nazwę kladu obejmującego ostatniego wspólnego przodka gatunków Gavialis gangeticus, Alligator mississippiensis i Crocodylus niloticus oraz wszystkich jego potomków^[8]. Najstarsze znane skamieniałości niewątpliwie należące do tak definiowanych krokodyli pochodzą z kampanu (koniec kredy)^[9], choć niektóre analizy molekularne sugerują, że pierwsze krokodyle żyły już około 150 mln lat temu^[10]. W 2008 roku Jeremy Martin i Michael J. Benton zaproponowali powrót do stosowania nazwy Crocodylia dla grupy obejmującej tradycyjnie rozumiane krokodyle, czyli wszystkie krokodylomorfy oprócz Sphenosuchia^[11], jednak wśród naukowców panuje obecnie konsensus, że termin Crocodylia powinien być używany w stosunku do grupy koronnej^[12].

Główną cechą wyróżniającą diapsydalne czworonogi jest obecność dwóch otworów po obu stronach czaszki za oczami, zwanych oknami skroniowymi. Współcześnie żyjące diapsydy obejmują krokodyle, jaszczurki z wężami, sfenodonty i ptaki^[13]. Z kolei od innych diapsydów archozaury wyróżniają się dodatkową parą otworów w czaszce, okien przedoczodołowych, leżących do przodu od oczodołów. Archozaury stanowią grupę koronną obejmującą ostatniego wspólnego przodka krokodyli i ptaków, jak też wszystkich jego potomków. Wedle starszego poglądu obejmują one Pseudosuchia, „fałszywe krokodyle”, i Ornithosuchia, które z kolei zawierają dinozaury (w tym ptaki), ich bliskich krewnych i pterozaury^[14]. Pseudosuchia definiuje się jako wszystkie archozaury bliżej spokrewnione z krokodylami niż z ptakami. Grupa ta obejmuje liczne taksony wymarłe, jak fitozaury^[15]. Obecnie kwestionuje się wyróżnianie Ornithosuchia, gdyż Ornithosuchus okazał się należeć do pseudozuchów, a więc być bliżej spokrewniony z krokodylami, niż z ptakami^[16]. Współczesne krokodyle straciły okna przedoczodołowe, obecne u większości ich przodków w postaci niewielkich otworków^[17].

Krokodylomorfy to jedyne pseudozuchy, które przetrwały wymieranie triasowe około 201,3 miliona lat temu. We wczesnym okresie jurajskim dominację na lądzie uzyskały dinozaury, krokodylomorfy natomiast przeszły dużą radiację adaptacyjną, wypełniając nisze ekologiczne opuszczone przez niedawno wymarłe grupy. Mezozoiczne krokodylomorfy cieszyły się znacznie większą różnorodnością form niż dzisiejsze krokodyle. Zaliczały się doń niewielkie, szybko poruszające się zwierzęta owadożerne, wyspecjalizowani rybożercy, mięsożercy żyjący na lądzie albo w morzu, a nawet kilku roślinożerców^[18]. Niektóre morskie gatunki krokodylomorfów, choć nie krokodyli w wąskim ujęciu (Metriorhynchidae), miały kończyny przekształcone w płetwy^[19]. Najwcześniejszy etap ewolucji krokodyli obejmował Protosuchia, które wyewoluowały w triasie późnym i jurze wczesnej. Następnie po nich pojawiły się Mesosuchia. Zróżnicowały się one szeroko w okresie jury i trzeciorzędu. Inna grupa, Eusuchia, pojawiła się w późnej kredzie, 80 milionów lat temu. Obejmuje ona również krokodyle żyjące obecnie^[17].

Protosuchia były niewielkimi, w większości lądowymi zwierzętami o krótkich pyskach i długich kończynach. Posiadały kostną zbroję w formie dwóch rzędów płytek rozciągających się od głowy do ogona. Cechę tę zachowała większość współczesnych krokodyli. Ich kręgi były wypukłe, jeśli chodzi o dwie główne powierzchnie stawowe. Ich podniebienie kostne było rozwinięte gorzej niż u późniejszych form. U Mesosuchia kości podniebienne uległy połączeniu, tworząc kostne podniebienie wtórne, a przedłużenie dróg nosowych sięgnęło kości skrzydłowej. Pozwoliło to zwierzęciu oddychać przez nozdrza przy paszczy otwartej pod wodą. U Eusuchia proces ten kontynuował. Nozdrza wewnętrzne otwierają się u nich przez otwór w kości skrzydłowej. Kręgi Eusuchia posiadają powierzchnie stawowe wypukłą i wklęsłą, tworzące pomiędzy kręgami stawy panewkowe, zapewniające większą giętkość i siłę^[17]. Najstarszy znany przedstawiciel Eusuchia to Hylaeochampsa vectiana, którego skamieniałości znaleziono w osadach kredy wczesnej na Wyspie Wight^[20]. Gatunek ten posłużył też do zdefiniowania samych Eusuchia, obejmujących ostatniego wspólnego przodka wyżej wymienionego oraz trzech gatunków użytych w definicji krokodyli^[8]. Z paleogenu znane są krokodyle, takie jak Pristichampsidae, w języku angielskim znane jako hoofed crocodiles („krokodyle kopytne”)^[21]. Zaliczają się doń wszystkie taksony bliższe Pristichampsus rollinati niż trzem gatunkom definiującym krokodyle^[8]. W kredzie i paleogenie na obszarach kontynentu północnoamerykańskiego występował Borealosuchus. W obrębie tego rodzaju wyróżnia się 6 gatunków. Jego pozycja filogenetyczna nie została jednoznacznie ustalona^[22].

Trzy główne linie Crocodilia rozdzieliły się pod koniec mezozoiku. Najstarszym znanym taksonem, który może być przedstawicielem Crocodilia jest Portugalosuchus azenhae, żyjący w cenomanie na obszarze dzisiejszej Portugalii^[23]. Najwcześniejsi znani niewątpliwi członkowie tej grupy to Alligatoroidea (taksony bliższe aligatorowi amerykańskiemu, niż krokodylowi nilowemu i gawialowi gangesowemu) i Gavialoidea (taksony bliższe gawialowi gangesowemu, niż dwóm pozostałym gatunkom definiującym krokodyle), żyjące w Ameryce Północnej i Europie w kampanie (około 83,6–72,1 miliona lat temu). Choć pierwsze znane Crocodyloidea pojawiły się w mastrychcie (około 72,1–66,0 miliona lat temu), ich linia musiała istnieć już w kampanie, a ze względu na to, że najwcześniejsi znani przedstawiciele Alligatoroidea i Gavialoidea są formami mocno zaawansowanymi ewolucyjnie, uważa się, że rzeczywisty czas zróżnicowania się tych trzech linii musiał poprzedzać kampan^[8].

W XXI wieku relacje filogenetyczne pomiędzy krokodylami w dalszym ciągu nie są ustalone. Badania opierające się na cechach budowy przynoszą rezultaty niezgodne z badaniami genetycznymi. Główny problem dotyczy pokrewieństw gawiala gangesowego. Tradycyjnie uznawany był on za gatunek siostrzany do wszystkich pozostałych krokodyli, co potwierdzają analizy morfologiczne. Badania genetyczne wskazują jednak na jego bliskie pokrewieństwo z krokodylem gawialowym, również cechującym się mocno wydłużonym pyskiem^[24]. Wskazują one, że te dwa gatunki stanowią razem grupę siostrzaną dla krokodylowatych, a nie wszystkich pozostałych krokodyli^[25]. Niektóre oszacowania molekularne sugerują, że linie ewolucyjne Gavialis i Tomistoma rozeszły się pomiędzy 22 a 48 mln lat temu^[10], z czym jednak zdecydowanie kłócą się dane paleontologiczne, wskazujące na ich dywergencję już w kredzie^[24]. Ten konflikt pomiędzy danymi morfologicznymi a molekularnymi ma istotne konsekwencje dla klasyfikacji krokodyli.

Tradycyjnie (zgodnie z danymi morfologicznymi) do Crocodylidae zalicza się współczesne rodzaje Crocodylus (i wydzielony z niego Mecistops), Osteolaemus oraz Tomistoma, wyróżniając w jej obrębie dwie główne grupy – Crocodylinae (wewnątrz niej również Osteolaeminae) oraz Tomistominae. Jeśli przyjąć hipotezę molekularną, grupa Tomistominae klasyfikowana byłaby wewnątrz Gavialidae, a nie Crocodylidae; wówczas do gawialowatych należałyby dwie główne grupy – Gavialinae i Tomistominae. Aligatorowate definiuje się jako wszystkie taksony pochodzące od ostatniego wspólnego przodka aligatora amerykańskiego i kajmana okularowego (a podział aligatorowatych na bliższe pierwszemu bądź drugiemu jest podstawą wyróżnienia podrodzin Alligatorinae i Caimaninae). Brochu (2003) przedstawił definicje filogenetyczne tych nazw, wskazując jednak, że są podatne na zmiany przyjętej filogenezy^[8].

Różni zoolodzy różnorodnie interpretują filogenezę krokodyli. Poniższy kladogram obrazuje pogląd Hollidaya i Gardnera z 2012, zachowując tradycyjne Brevirostres^[26], a więc klad obejmujący ostatniego wspólnego przodka krokodyla nilowego i aligatora amerykańskiego, jak też wszystkich jego potomków – nie obejmuje on więc gawiali. Jednakże w zależności od pozycji na drzewie rodowym krokodyli rodzajów Gavialis i Tomistoma, może się on również okazać synonimem Crocodylia^[8]. Tomistoma wchodzi bowiem w skład krokodylowatych. Jeśli gawial gangesowy jest taksonem siostrzanym tego rodzaju, byłby i on jej członkiem, a więc bliższym krewnym krokodyla nilowego, niż aligator amerykański. Od wspólnego przodka krokodyla i aligatora pochodziłyby więc wszystkie krokodyle^[8].

Krokodyle zawdzięczają swój sukces zdominowaniu niszy drapieżników ziemno-wodnych. Zajmują tę pozycję od ponad 85 milionów lat. Adaptacje szkieletowo-mięśniowe, które rozwinęły, mogą generować większą siłę zgryzu i ciśnienie wywierane przez zęby, niż u większości innych zwierząt. Pomimo tych modyfikacji ogólna budowa ich ciała właściwie się nie zmieniła. Współczesne Crocodilia mało różnią się od swych przodków. W 2012 Erickson et al. zmierzyli biomechaniczne właściwości ich pysków i porównali wyniki z danymi filogenetycznymi uzyskanymi dzięki sekwencjonowaniu DNA, tworząc metodą maksymalnego prawdopodobieństwa kladogram obejmujący współczesne krokodyle (z wyłączeniem kajmana żakare, którego DNA naukowcy nie mogli zdobyć) – na podstawie tych wyników nie znaleziono powodów na wydzielanie Brevirostres^[27]:

Systematyka współczesnych Crocodylia przedstawia się następująco:

• rodzina gawialowate (Gavialidae)^[28]
  • rodzaj Gavialis^[29]
    • gawial gangesowy (Gavialis gangeticus)
  • rodzaj Tomistoma^[30]
    • krokodyl gawialowy (Tomistoma schlegelii)

Rodzina gawialowatych obejmuje obecnie 2 gatunki (gawial gangesowy, krokodyl gawialowy). Cechuje je długi, wąski pysk z dużym guzkiem na szczycie. Spotyka się je rzadko i jedynie w Azji Południowej^[31].

• rodzina Aligatorowate (Alligatoridae)^[32]
  • rodzaj Alligator^[33]
    • aligator missisipski (Alligator mississippiensis)
    • aligator chiński (Alligator sinensis)
  • rodzaj Paleosuchus^[34]
    • kajman karłowaty (Paleosuchus palpebrosus)
    • kajman Schneidera (Paleosuchus trigonatus)
  • rodzaj Caiman^[35]
    • kajman żakare (Caiman yacare)
    • kajman okularowy (Caiman crocodilus)
    • kajman szerokopyski (Caiman latirostris)
  • rodzaj Melanosuchus^[36]
    • kajman czarny (Melanosuchus niger)

Obecnie aligatorowate obejmują 2 gatunki z rodzaju Alligator i 6 gatunków kajmanów, pogrupowanych w 3 rodzaje. Można je rozpoznać po szerokim pysku, w którym czwartych zębów żuchwy nie widać przy zamkniętym pysku^[31].

• rodzina krokodylowate (Crocodylidae)^[37]
  • rodzaj Crocodylus^[38]
    • krokodyl amerykański (Crocodylus acutus)
    • Crocodylus halli^[39]
    • krokodyl orinokański (Crocodylus intermedius)
    • krokodyl australijski (Crocodylus johnsoni)
    • krokodyl filipiński (Crocodylus mindorensis)
    • krokodyl meksykański (Crocodylus moreletii)
    • krokodyl nilowy (Crocodylus niloticus)
    • krokodyl nowogwinejski (Crocodylus novaeguineae)
    • krokodyl błotny (Crocodylus palustris)
    • krokodyl różańcowy (Crocodylus porosus)
    • krokodyl kubański (Crocodylus rhombifer)
    • krokodyl syjamski (Crocodylus siamensis)

  • rodzaj Mecistops^[40]
    • krokodyl wąskopyski (Mecistops cataphractus)
  • rodzaj Osteolaemus^[41]
    • krokodyl krótkopyski (Osteolaemus tetraspis)

Współczesne krokodylowate obejmują 12 gatunków należących do rodzaju Crocodylus i 2 gatunki wydzielone do odrębnych rodzajów. Mają różnorodne kształty pyska, ale można je rozpoznać po czwartym dolnym zębie widocznym przy zamkniętym pysku^[31].

Część autorów podnosi dodatkowo jeden z podgatunków krokodyla krótkopyskiego, O. t. osborni, do rangi odrębnego gatunku Osteolaemus osborni^[42][43]. Populacje krokodyla nilowego z zachodniej i środkowej Afryki mogą w rzeczywistości reprezentować odrębny gatunek^[44], dla którego konieczne może się okazać wskrzeszenie historycznej nazwy Crocodylus suchus lub Crocodylus binuensis^[45].

Krokodyle różnią się wielkością. Przedstawiciele gatunków z rodzajów Paleosuchus czy Osteolaemus osiągają 1–1,5 m długości. Z drugiej strony krokodyl różańcowy dorasta do 7 m długości i 2000 kg masy ciała. Pewne formy prehistoryczne były jeszcze większe. Długość ciała późnokredowego deinozucha dochodziła do 11^[46]–15 m^[47], a jego masa do 3450 kg^[27]. Występuje dymorfizm płciowy: samce są dużo większe od samic^[48]. Krokodyle zachowują podobną ogólną budowę ciała, choć kształt pyska i zębów są zróżnicowane^[27]. Mają solidnie zbudowane, przypominające jaszczurcze ciało o wydłużonym, spłaszczonym pysku i bocznie spłaszczonym ogonie^[48]. Kończyny są stosunkowo krótkie. Przednie łapy kończą się pięcioma palcami o niewielkiej bądź niewystępującej w ogóle błonie pławnej. Tylne łapy kończą się czterema palcami spiętymi błoną pławną, piąty jest szczątkowy^[49]. Szkielet jest dość typowy dla czworonogów, choć czaszka, miednica i żebra uległy specjalizacji^[48]. W szczególności wyrostki haczykowate żeber pozwalają klatce piersiowej zapadać się podczas nurkowania, a dzięki specyficznej budowie miednicy zwierzęta mogą magazynować dużo pokarmu w układzie pokarmowym^[50] bądź powietrza w płucach^[51]. Obie płcie mają stek, pojedynczą komorę z ujściem u podstawy ogona, do której uchodzi jelito, układ moczowy i rozrodczy^[48]. U samca znajduje się tam prącie, u samicy zaś łechtaczka^[52]. Jądra bądź jajniki leżą w pobliżu nerek^[53].

Mózg krokodyla nie odbiega w znaczący sposób wielkością od typowego gadziego mózgu, osiągającego dziesiątą część wielkości mózgu ptaka czy ssaka podobnych rozmiarów^[54]. U dużych krokodyli mózg zajmuje do 60% objętości puszki mózgowej^[55]. Jednakże krokodyle wykazują skomplikowane jak na gady zachowania, w tym związane z terytorializmem, hierarchią, współpracą międzyosobniczą, zalotami i opieką nad potomstwem. Zawdzięczać to muszą rozwiniętemu układowi nerwowemu^[55], który umożliwia krokodylom naukę wydajniejszą, niż w przypadku innych gadów^[56].

Mózg powstaje podczas rozwoju zarodkowego z przedniej części cewy nerwowej, gdzie rozwijają się 3 pęcherzyki. Formują one kresomózgowie, śródmózgowie i móżdżek. Z pozostałej części cewy nerwowej powstaje rdzeń kręgowy^[57]. W obrębie kresomózgowia wyróżnia się 3 główne obszary: przyśrodkowy, boczny i grzbietowy. Pod zwględem histologicznym korę budują 3 warstwy; główną warstwę komórek otaczają wewnętrzna i zewnętrzna warstwa zwojowata^[58].

Oczy, uszy i nozdrza krokodyli leżą na czubku głowy. Pozwala to zwierzętom czatować na zdobycz z większą częścią ciała zanurzoną w wodzie^[31]. W jasnym świetle źrenica zwęża się do wąskiej szpary. W ciemności przyjmuje kształt okrągły. Jest to typowe dla zwierząt polujących w nocy. Występuje także błona odblaskowa, wspomagająca widzenie w słabym świetle^[49]. O ile wzrok jest naprawdę dobry w powietrzu, to w wodzie jest znacznie słabszy^[59]. Błona bębenkowa jest chroniona przez klapkę otwieraną bądź zamykaną przez mięśnie^[60].

Uszy wykazują adaptacje do słyszenia zarówno w powietrzu, jak i w wodzie^[60]. Granice słyszalności obejmują szeroki zakres, czułość porównywalna jest ze spotykaną u większości ptaków czy wielu ssaków^[61]. Krokodyle wydają się dysponować dobrze rozwiniętym zmysłem węchu^[60]. Również dobrze rozwinięty nerw trójdzielny pozwala im na odbiór wibracji wody, które mogą być wywoływane przez potencjalne ofiary^[62]. Gdy zwierzę jest całkowicie zanurzone w wodzie, migotka zakrywa oczy. Dodatkowo gruczoły migotki wydzielają słony lubrykant oczyszczający oczy. Gdy przedstawiciel Crocodilia przebywa poza środowiskiem wodnym, substancja ta widoczna jest jako „krokodyle łzy”^[49]. Język nie porusza się luźno, utrzymuje go w miejscu fałdowana błona^[50]. Fałdy głosowe spotykane u ssaków nie występują, podobnie jak ptasia syrinx^[63]. Pomimo tego Crocodilia są zdolne do wydawania dźwięków, które powstają poprzez wibrację trzech klapek krtani^[64].

Wszyscy przedstawiciele tego rzędu są świetnymi pływakami. Podczas przemieszczania się w wodzie umięśniony ogon faluje z boku na bok, odpychając zwierzę od wody, podczas gdy kończyny leżą blisko ciała, by zredukować opór hydrodynamiczny^[31][65]. Chcąc się zatrzymać, zauropsyd manewruje w innym kierunku, rozstawiając kończyny^[31]. Krokodyle zwykle poruszają się wolno na powierzchni bądź pod wodą, wykonując łagodne, wijące ruchy ogonem, ale gonione bądź łapiące zdobycz potrafią szybko pędzić^[66]. Na lądzie poruszają się mniej sprawnie niż w wodzie. Wyróżniają się wśród kręgowców tym, że stosują dwa rodzaje chodu: chód wysoki i niski^[49]. Ich kończyny w stawach skokowych zginają się w sposób odmienny, niż u innych gadów, cecha ta występowała również u pewnych wczesnych archozaurów. Jedna z kości wspomnianego stawu, kość skokowa, rusza się wraz z piszczelą i strzałką. Natomiast kość piętowa stanowi funkcjonalnie część stopy: leży na niej panewka, w którą wchodzi wypukłość kości skokowej. W efekcie w trakcie przemieszczania się na lądzie kończyna może zginać się prawie pionowo pod ciałem, a stopa może dokonać obrotu^[67].

W trakcie wysokiego chodu brzuch i większa część ogona uniesione są ponad poziom gruntu. Wyróżnia to krokodyle spośród współczesnych gadów. Ten sposób lokomocji przypomina nieco chód ssaków. Łączy je taka sama sekwencja ruchów kończyn: lewa przednia, prawa tylna, prawa przednia, lewa tylna^[66]. Niski chód przypomina wysoki, ale ciało nie podnosi się. Nie przypomina to zupełnie pełzania salamandry czy jaszczurki. Przedstawiciele rzędu potrafią też momentalnie przejść z jednego typu chodu na drugi. Zazwyczaj jednak na lądzie wykorzystują chód wysoki. Zwierzę może podnieść swe ciało i natychmiast zacząć wysoki chód, może też przejść najpierw kilka kroków chodem niskim, a dopiero potem przerzucić się na wysoki. W przeciwieństwie do większości lądowych kręgowców krokodyle, przyspieszając, zwiększają prędkość, z jaką dolna część kończyn (zamiast całej kończyny) porusza się do przodu. Oznacza to zwiększenie długości kroku przy skróceniu czasu trwania kroku^[68]

Krokodyle zdolne są do krótkotrwałych znacznych przyspieszeń w trakcie poruszania się na lądzie. Niektóre umieją biegać z prędkością 12–14 km/h na krótkich dystansach^[69]. Szybki powrót do wody z błotnistego brzegu może się odbyć poprzez skok, obrót ciała i rozłożenie kończyn^[66]. U pewnych małych gatunków, jak krokodyl australijski, bieg może się przeistoczyć w pełen podskoków galop. W takim przypadku tylne kończyny popychają ciało do przodu, którego ciężar spoczywa następnie na przednich kończynach. Dalej tylne łapy wyciągają się do przodu z grzbietowo-brzusznym wygięciem kręgosłupa, po czym sekwencja ruchów się powtarza^[70]. Na lądzie przemieszczając się krokodyl może trzymać tylną część ciała wraz z ogonem prosto, jako że łuski przymocowane są do żeber za pomocą mięśni^[50]. Zarówno w wodzie, jak i na lądzie krokodyle potrafią skakać, wybijając się w powietrze przy pomocy ogona i tylnych kończyn^[31][71].

Poszczególne gatunki różnią się kształtem pyska. U krokodylowatych może on być zarówno wąski, jak i szeroki. U aligatorów lub kajmanów występują tylko szerokie pyski, u gawiali są one natomiast niezwykle wydłużone. Mięśnie zamykające pysk znacznie przewyższają siłą i masywnością te otwierające paszczę^[48]. Szczęka i żuchwa krokodyla mogą więc zostać z łatwością utrzymane zamknięte przez człowieka. Z drugiej strony niezwykle trudno je otworzyć^[72]. Silne mięśnie zamykające pysk mają swe przyczepy u podstawy czaszki, co pozwala górnej części głowy zachować płaski profil. W ruchach żuchwy bierze udział staw szczytowo-potyliczny, co pozwala zwierzęciu otwierać paszczę szczególnie szeroko^[50]. Krokodyle dysponują jedną z największych sił zgryzu w królestwie zwierząt. Siłę zgryzu aligatora amerykańskiego ocenia się na 9450 N^[73], krokodyla różańcowego na 16000 N, a wymarłego deinozucha nawet na 100000 N^[27] – więcej niż u dinozaurów z grupy teropodów, takich jak tyranozaur^[73]. Nie stwierdzono korelacji pomiędzy siłą zgryzu i kształtem pyska. Niemniej bardzo wąski pysk gawiala jest względnie słabszy, jego budowa umożliwia mu raczej szybkie zamknięcie szczęki i żuchwy^[27]. Ze względu na nierówne krawędzie szczęk i brak warg krokodyle nie mogą szczelnie zamknąć pyska, przez co blokowanie dopływu wody do płuc musi mieć miejsce głębiej, z udziałem podniebienia wtórnego^[74].

Zęby krokodyli różnią się, u niektórych gatunków występują zęby tępo zakończone, u innych ostre, igłowate^[27]. Gatunki szerokopyskie cechują się zębami różniącymi się wielkością, u krokodyli o smukłym pysku są one bardziej jednorodne. Zęby krokodylowatych i gawialowatych zdają się być łatwiej dostrzegalne, niż u aligatorów czy kajmanów, kiedy pysk jest zamknięty^[75]. Uzębienie jest polifiodontyczne, każdy ze średnio 80 zębów zastępowany jest nowym do 50 razy podczas trwającego 35–75 lat życia zwierzęcia^[76]. Jako jedyne prócz ssaków kręgowce posiadają zębodoły^[77]. Po każdym w pełni wyrośniętym zębie następuje mały ząb zastępujący swego poprzednika. Odontoheniczne komórki macierzyste w płytce zębowej czekają w gotowości, by w razie potrzeby ulec aktywacji^[78]. Tempo zastępowania zębów zmniejsza się znacznie, a nawet ostatecznie zatrzymuje u starszych osobników^[75].

Ciało krokodyla pokrywa skóra gruba i zrogowaciała, tworząca niezachodzące na siebie łuski, układające się w regularne rzędy i wzory. Tworzą się one w ciągłym procesie podziałów komórkowych w leżącej niżej warstwie rozrodczej naskórka. Wierzchnia warstwa natomiast złuszcza się okresowo. Zewnętrzna warstwa łuski zbudowana jest ze względnie sztywnej β-keratyny, podczas gdy umocowana jest na warstwie z bardziej giętkiej α-keratyny^[79].

Wiele tarczek wzmacniają płytki kostne zwane osteodermami, tych samych wielkości i kształtu, co powierzchowne, rosnące ponad nimi łuski. Najliczniej występują na plecach i szyi zwierzęcia. Mogą tworzyć coś w rodzaju chroniącej je zbroi. Często mają wydatne, guzkowate krawędzie i pokrywa je twarda β-keratyna^[48]. Większość skóry na głowie jest przytwierdzona do czaszki^[50]. Skóra na szyi i bokach jest luźna, na brzuchu zaś i spodniej stronie ogona obejmuje duże, płaskie tarczki ułożone w równe rzędy^[48][80]. Tarczki zawierają naczynia krwionośne i biorą udział w pochłanianiu bądź wypromieniowywaniu ciepła, co ma znaczenie dla termoregulacji zwierzęcia^[48]. Niektóre tarczki zawierają pojedynczy otwór zwany integumentary sense organ („powłokowy narząd czuciowy”). U krokodylowatych i gawialowatych występuje on na dużych obszarach ciała, podczas gdy u aligatorów bądź kajmanów spotyka się go jedynie na głowie. Jego funkcji jeszcze w pełni nie wyjaśniono, choć zasugerowano, że może chodzić o narząd mechanosensoryczny^[81]. Przypuszcza się również, że może on produkować oleistą wydzielinę zapobiegającą oblepianiu skóry przez błoto. Wydatne parzyste gruczoły leżą w bocznych ścianach kloaki. Sugerowano dla tych gruczołów różne funkcje. Mogą grać rolę w komunikacji, jako że istnieją pośrednie dowody na wydzielanie przez nie feromonów wykorzystywanych w zalotach czy gniazdowaniu^[48]. Gruba skóra może wytrzymać ataki innych osobników tego samego gatunku, a układ immunologiczny działa wystarczająco efektywnie, by rany goiły się w ciągu kilku dni^[82].

U krokodyli występuje być może najbardziej skomplikowany wśród kręgowców układ krążenia. Serce dzieli się na cztery jamy (w tym dwie komory) – jest to cecha niezwykła u współczesnych zwierząt określanych mianem „gadów”^[83]. Jednak pomimo że komora serca jest podzielona całkowitą przegrodą na dwie części, to krew tętnicza miesza się częściowo z krwią żylną. Zachodzi to w miejscu połączenia łuków aorty w aortę grzbietową oraz w miejscu połączenia prawego i lewego łuku aorty (czyli u podstawy tych łuków), gdzie znajduje się tzw. otworek Panizzy(inne języki)^[84].

Obecne są aorta lewa i prawa, połączone wspomnianym otworkiem Panizzy. Jak ptaki czy ssaki, krokodyle mają zastawki serca pozwalające na przepływ krwi w jednym kierunku przez jamy serca. Cechują się również unikatowymi zastawkami przywodzącymi na myśl koło zębate, które, zazębiając się, kierują krew do aorty lewej i dalej od płuc, a następnie w tył, obwodowo^[85]. System taki może pozwalać zwierzęciu pozostawać zanurzonym w wodzie przez dłuższy okres^[86], jednakże takie wyjaśnienie zakwestionowano^[87]. Inne możliwe przyczyny takiego wyjątkowego układu krążenia obejmują udział w termoregulacji, zapobieganie obrzękowi płuc lub szybszą kompensację kwasicy metabolicznej. Zatrzymanie w ciele dwutlenku węgla pozwala na zwiększenie wydzielania kwasu w żołądku, polepszając wydajność trawienia, inne narządy jamy brzusznej, jak trzustka, śledziona, jelito cienkie czy wątroba, również pracują wtedy wydajniej^[88].

Podczas zanurzenia tempo pracy serca obniża się do jednego bądź dwóch uderzeń na minutę. Przepływ krwi przez mięśnie ulega redukcji. Gdy zwierzę wynurza się i bierze wdech, czynność jego serca w ciągu sekund ulega przyspieszeniu, a mięśnie otrzymują świeżo utlenowaną krew^[89]. W przeciwieństwie do ssaków morskich krokodyle dysponują niewielką ilością mioglobiny, magazynującej tlen w mięśniach. Podczas nurkowania mięśnie otrzymują tlen, kiedy wzrastające stężenie wodorowęglanów wpływa na uwalnianie tlenu z oksyhemoglobiny^[90].

U krokodyli, tak jak u ssaków, jama ciała jest rozdzielona na jamę brzuszną i jamę klatki piersiowej; o ile jednak u ssaków te dwie jamy są rozdzielone przez przeponę, o tyle u krokodyli rozdziela je przymocowana do wątroby przegroda z tkanki łącznej^[91].

Struktura płuc jest gąbczasta. Przeprowadzone na aligatorach missisipskich badania Colleen G. Farmer i Kenta Sandersa (2010) wykazały, że u krokodyli występuje jednokierunkowy przepływ powietrza w płucach, tzn. zarówno przy wdechu, jak i przy wydechu powietrze płynie przez oskrzela trzeciego rzędu (parabronchi) w tym samym kierunku. Wcześniej zakładano, że jednokierunkowy przepływ powietrza w płucach występuje wyłącznie u ptaków i sugerowano, że nie mógłby on współistnieć z mechanizmem tłoczni wątrobowej; okazało się jednak, że ich współistnienie jest możliwe, a także, że dla uzyskania jednokierunkowego przepływu powietrza nie jest konieczna obecność worków powietrznych (występujących u ptaków, ale nie występujących u krokodyli). Występowanie jednokierunkowego przepływu powietrza w płucach ptaków i krokodyli sugeruje, że mógł on występować już u ostatniego wspólnego przodka tych dwóch grup, a także u wymarłych archozaurów takich jak rauizuchy, aetozaury, pterozaury czy nieptasie dinozaury^[92]. Późniejsze badania Sandersa i Farmer nad młodymi aligatorami amerykańskimi wykazały, że ich płuca budową bardzo przypominają płuca zarodków ptaków. U aligatorów występują oskrzela, które zdaniem autorów prawdopodobnie są homologiczne z występującymi u ptaków oskrzelami brzusznymi (ventrobronchi), bocznymi (laterobronchi) i grzbietowymi (dorsobronchi); u aligatorów występują też struktury, które mogą być homologiczne z ptasimi workami powietrznymi^[93].

U krokodyli w jamie brzusznej występuje rozwinięty mięsień – musculus diaphragmaticus – przyczepiony z jednej strony do wątroby, a z drugiej – do kości miednicy; mięsień ten nie jest homologiczny z przeponą ssaków^[94]. Płuca Crocodilia połączone są z wątrobą i miednicą poprzez tenże mięsień^[51]. M. diaphragmaticus umożliwia działanie występującego u krokodyli mechanizmu wentylacji płuc określanego mianem „tłoczni wątrobowej” (hepatic piston). Przy wdechu mięsień ten kurczy się, powodując przesunięcie wątroby wzdłuż kręgosłupa ku miednicy, zaś zmiana pozycji wątroby powoduje rozszerzenie płuc i zmniejszenie ciśnienia w płucach umożliwiające wdech^[91]. Mięśnie międzyżebrowe zewnętrzne pociągają żebra, pozwalając zwierzęciu nabrać więcej powietrza, podczas gdy mięsień ischiopubis przesuwa biodra w dół i brzuch na zewnątrz^[51]. Mechanizm „tłoczni wątrobowej” u krokodyli jest dodatkowo wspierany przez ruchomą kość łonową i mięśnie miednicy – M. ischiopubis (mięsień kulszowo-łonowy) i M. ischiotruncus, które kurcząc się przy wdechu obracają kość łonową, zwiększając tym samym pojemność tylnej części jamy brzusznej^[94][95]. Przy wydechu mięśnie międzyżebrowe wewnętrzne pociągają żebra do wewnątrz, mięsień prosty brzucha przemieszcza biodra i wątrobę do przodu, a brzuch do wewnątrz^{[51][83][96][97]}. Krokodyle mogą też użyć swych mięśni do poprawienia pozycji płuc, kontrolując w ten sposób swą wyporność. Zwierzę zanurza się, gdy płuca przesuwają się ogonowo, a wynurza, gdy wracają w kierunku głowy. Pozwala to zauropsydowi przemieszczać się w wodzie bez powodowania zaburzeń mogących ostrzec potencjalną zdobycz. Co więcej, zwierzęta potrafią się kręcić bądź zawracać, przemieszczając swe płuca w kierunku bocznym^[96]. Pływanie i nurkowanie krokodyli zdaje się zależeć od objętości płuc bardziej poprzez mechanizm związany z wypornością, niż z magazynowaniem tlenu^[83] Przed zanurzeniem się gad robi wydech, by zmniejszyć objętość swych płuc i obniżyć swą wyporność^[98]. Nozdrza zewnętrzne znajdują się na przednim krańcu czaszki, na wzgórku kostnym. Skierowane są one ku górze, a otwierają do długiej jamy nosowej zakończonej nozdrzami wewnętrznymi. Te otwierają się do gardzieli bezpośrednio nad krtanią^[74]. Pod wodą nozdrza zwierzęcia są szczelnie zamknięte^[49]. Wszystkie gatunki mają zastawkę podniebienną, błoniasty płat skóry na tyle jamy gębowej zapobiegający dostaniu się wody do gardła, przełyku i tchawicy^[48][49]. Umożliwia to krokodylowi otwieranie paszczy pod wodą bez zagrożenia utonięciem^[49]. Krtań i nozdrza wewnętrzne nie stykają się jedynie podczas połykania i wtedy pysk musi znajdować się nad wodą. Takie podniebienie wtórne jest unikatowe dla krokodyli, a podobne rozwiązanie występuje u ssaków^[74]. Crocodilia zazwyczaj przebywają pod wodą do piętnastu minut, ale niektóre potrafią wstrzymać oddech na czas dwóch godzin w idealnych ku temu warunkach^[99]. Maksymalna osiągana podczas nurkowania głębokość jest nieznana, aczkolwiek wynosi przynajmniej 20 m^[100].

Zęby krokodyli są przystosowane do chwytania i przytrzymywania zdobyczy, którą następnie gad połyka, nie żując. Przewód pokarmowy jest względnie krótki, jako że mięso jest łatwe do strawienia. Żołądek dzieli się na dwie części: żołądek mięśniowy (gizzard) miażdży pokarm, a żołądek gruczołowy wydziela rozkładające go enzymy trawienne^[101]. Zawartość żołądka jest bardziej kwaśna niż u wielu innych kręgowców. Zawiera też wypukłości dla gastrolitów, odgrywających rolę w mechanicznej obróbce pokarmu. Trawienie przebiega szybciej w wyższej temperaturze^[31]. Duża ilość kwasu solnego jest krokodylom potrzebna do zabijania drobnoustrojów, rozwijających się na padlinie, którą spożywają, i rozpuszczania kości^[102]. Krokodyle cechują się wolnym metabolizmem, wobec czego mają też niskie zapotrzebowanie na energię. Pozwala im to przetrwać wiele miesięcy po jednym dużym posiłku, który trawią powoli. Potrafią przetrwać przeciągający się głód, pomiędzy posiłkami korzystając ze zgromadzonego tłuszczu. Nawet niedawno wylęgnięte młode mogą przetrwać 58 dni bez jedzenia, tracąc w tym czasie 23% masy ciała^[103]. Osobnik dorosły potrzebuje 10-15 razy mniej pożywienia niż lew o takiej samej masie; potrafi przeżyć rok bez jedzenia^[103]. Aligatory w temperaturze 28 °C zużywają 3% tlenu potrzebnego stałocieplnemu człowiekowi o podobnej masie^[102].

Krokodyle są zmiennocieplne. Wytwarzają względnie niewielką ilość ciepła wewnętrznego, a polegają na zewnętrznych jego źródłach, by podnieść temperaturę ciała. U aligatorów mięśnie w stanie spoczynku zużywają 65 razy mniej tlenu niż u człowieka. Pracujące mięśnie aligatora zużywają go trzydziestokrotnie więcej, ok. dwukrotnie mniej niż u człowieka w spoczynku, a 1930 razy mniej niż pracujące mięśnie człowieka i 155 tysięcy razy mniej niż pracujące mięśnie ryjówek^[102]. Krokodyle regulują temperaturę ciała przez odpowiednie zachowanie. Aby zwiększyć temperaturę ciała, wygrzewają się na słońcu na lądzie. Czas wygrzewania się ulega przedłużeniu zimą, a skróceniu latem. W tropikach główny problem stanowi natomiast unikanie przegrzania. Zwierzę wygrzewa się rankiem krótko, a następnie chowa się w cieniu, pozostając w nim na resztę dnia, bądź też zanurza się w wodzie. Trzymanie paszczy otwartej pomaga w chłodzeniu się przez parowanie z jamy ustnej^[104]. Dzięki powyższym sposobom krokodyle zazwyczaj utrzymują temperaturę swego ciała w zakresie pomiędzy 30 a 33 °C^[105].

Zasięg występowania aligatora missisipskiego i chińskiego rozciąga się na rejony, na których zimą niekiedy zapada mróz. Ponieważ są zmiennocieplne, wewnętrzna temperatura ciała krokodyli spada wraz z obniżeniem się temperatury zewnętrznej, w rezultacie zwierzęta stają się ospałe. Bardziej aktywnie mogą zachowywać się podczas ciepłych dni, ale zazwyczaj przez całą zimę nic nie jedzą. Mroźną zimą pozostają w zanurzeniu z ogonem w głębszej, mniej chłodnej wodzie, z nozdrzami wystającymi nad powierzchnię. Jeśli na powierzchni zbiornika wodnego tworzy się lód, utrzymują niezlodzone dziury, przez które oddychają. Zdarzało się, że pyski przymarzały im do lodu. Czujniki temperatury implantowane zimującym aligatorom amerykańskim pokazały, że wewnętrzna temperatura ich ciał obniża się do około 5 °C, jednak tak długo, jak są w stanie zaczerpnąć powietrza, ochłodzenie to nie powoduje negatywnych skutków dla ich zdrowia^[104].

Narządem wydalniczym są nerki (zanercza)^[106]. Są parzyste, mają owalny kształt, są położone po grzbietowej stronie ciała, naprzeciwko kloaki, od każdej odchodzi moczowód, który otwiera się niezależnie do kloaki (nie występuje pęcherz moczowy)^[107]. W wodzie słodkiej osmolalność osocza jest dużo wyższa niż otaczającej ciało cieczy. Zwierzęta są dobrze nawodnione, a rozcieńczony mocz wydzielany jest do kloaki obficie. Azot usuwany jest w postaci wodorowęglanu amonu^[108], utrata sodu jest niewielka i odbywa się w wodzie słodkiej głównie przez skórę. W wodzie morskiej jest na odwrót. Osmolalność osocza krokodyli nie dorównuje osmolalności otaczającej ciało wody, co ma wpływ na organizm odwadniająco. Mocz kloakalny jest znacznie bardziej zagęszczony, biały i nieprzezroczysty. Azotowe produkty przemiany materii usuwane są głównie w postaci nierozpuszczalnego kwasu moczowego^[108][109]. Według innych autorów krokodyle, w odróżnieniu od pozostałych gadów, wydalają w moczu azot głównie w postaci jonów amonowych i mocznika^[110][111].

Żaden ze współczesnych gatunków krokodyli nie może zostać uznany za gatunek w pełni przystosowany do życia w słonej wodzie. Jednakże krokodyl różańcowy i krokodyl amerykański potrafią wpływać do morza, chociaż ich zwyczajne siedlisko stanowią ujścia rzek, estuaria, namorzyny i słone jeziora. Natomiast pewne gatunki wymarłe zasiedlały morza. Zalicza się doń wymarły niedawno Ikanogavialis papuensis, zamieszkujący w pełni morskie siedlisko linii brzegowych Wysp Salomona^[112]. Organizm żywy musi utrzymać stężenie soli w płynach ustrojowych na odpowiednim poziomie, co wiąże się z wymianą pewnych ilości soli ze środowiskiem zewnętrznym. Pobór wody i soli następuje przez śluzówkę jamy ustnej podczas picia wody, incydentalnie podczas pożywiania się, a także wraz z pokarmem^[113]. Woda tracona jest z organizmu podczas oddychania, natomiast woda i sole tracone są wraz z moczem i kałem, poprzez skórę oraz przez gruczoły solne języka, które obecne są jedynie u krokodylowatych i gawialowatych^[109][114]. Skóra stanowi w dużym stopniu efektywną barierę dla wody i jonów. Rozwieranie paszczy powoduje utratę wody przez parowanie ze śluzówki. Na lądzie woda tracona jest także poprzez skórę^[108]. Świeżo wyklute młode wykazują znacznie mniejszą tolerancję na ekspozycję na słoną wodę, niż starsze osobniki młodociane, być może z uwagi na większy stosunek powierzchni ciała do objętości^[109].

Krokodyle wykazują dużą tolerancję na wahanie odczynu we krwi, co wiązane jest z wydzielaniem dużej ilości kwasu do soku żołądkowego^[102].

Samiec dysponuje dwoma jądrami leżącymi w sąsiedztwie nerek. Wielkość gonad zmienia się w zależności od pory roku. Parzysty nasieniowód transportuje z nich nasienie. Samiec posiada narząd kopulacyjny, którym jest niewielkie, sztywne prącie (penis), wyciągane dzięki skurczom mięśni. Na jego powierzchni grzbietowej znajduje się otwarty rowek, przez który przepływa dalej nasienie^[52].

W przypadku samicy gonady (jajniki) również przylegają do nerek. Jajniki uwalniają komórki jajowe, wychwytywane następnie przez jajowody, które procesem różnicowania i specjalizacją przypominają bardziej swe homologi u ptaków, niż u innych gadów (zaliczają się doń też odcinki określane mianem macicy). W ich przednim końcu odbywa się zapłodnienie. Dalszy odcinek jajowodu zaopatruje jajo w białka białka. Przednia część macicy wytwarza błony pergaminowe, dystalna zaś odpowiada za otoczenie jaja skorupką. Jajowody poprzez pochwę uchodzą do kloaki o mięsistych ścianach, do której samiec wprowadza swe prącie. W miejscu samczego prącia samica posiada łechtaczkę, mniejszą od jej męskiego odpowiednika^[52].

Przedstawiciele rzędu są gadami ziemnowodnymi: część czasu spędzają w wodzie, a część na lądzie. Zamieszkują głównie tropiki. Wyjątki stanowią aligatory amerykański i chiński, których zasięgi występowania sięgają daleko na północ, aż do południowo-wschodnich USA w przypadku pierwszego z wymienionych gatunków, i rzeki Jangcy w przypadku drugiego. Większość krokodyli zamieszkuje tereny nizinne, nieliczne spotyka się na obszarach położonych na wysokości powyżej 1000 m nad poziomem morza, gdzie temperatura wynosi zazwyczaj o 5 °C mniej, niż na wybrzeżu. Żaden z dzisiejszych ich przedstawicieli nie żyje na stałe w morzu, choć niektóre się weń zapuszczają, a kilka gatunków może tolerować wodę brachiczną estuariów, namorzynów oraz znaczne zasolenie słonych jezior^[115]. Krokodyl różańcowy ma obecnie największy ze swego rzędu zasięg występowania, rozciągający się od wschodnich Indii do Nowej Gwinei i północnej Australii. Jego sukces wynika w większości ze zdolności wpływania do morza i kolonizacji nowych miejsc, jednakże bez ograniczania się do środowiska morskiego – przedstawiciele tego gatunku dużo czasu spędzają w estuariach, rzekach i dużych jeziorach^[116].

Różni przedstawiciele krokodylów zamieszkują różne typy siedlisk wodnych. Pewne gatunki wiodą względnie bardziej lądowy tryb życia, preferując bagna, stawy, brzegi jezior, gdzie mogą wygrzewać się na słońcu i gdzie występuje obfitość roślin zapewniająca zróżnicowaną faunę. Inne spędzają więcej czasu w wodzie i zamieszkują dolne biegi rzek, namorzyny i estuaria. Siedlisko to również cechuje się bogatą fauną i zapewnia obfitość pokarmu. Azjatyckie gawiale poszukują ryb, którymi się żywią, w stawach i w plosach bystrych rzek. Południowoamerykański kajman karłowaty zamieszkuje chłodne, szybko płynące strumienie, często blisko wodospadów. Inne kajmany żyją w cieplejszych jeziorach o mętnej wodzie i strumieniach o wolnym nurcie. Krokodylowate zamieszkują głównie rzeki. Aligatora chińskiego spotyka się w wolno płynących rzekach o mętnej wodzie, przepływających przez chińskie równiny zalewowe. Aligator amerykański łatwo się adaptuje. Zasiedla bagna, rzeki i jeziora o wodzie przezroczystej lub mętnej^[115]. Czynniki klimatyczne wpływają na lokalne rozmieszczenie krokodyli. Podczas pory suchej kajmany ograniczają swą obecność do głębokich odcinków rzek na kilka miesięcy. W porze deszczowej większą część przypominającej sawannę wenezuelskiej llanos znajduje się pod wodą i kajmany rozprzestrzeniają się szeroko po równinie^[117]. Krokodyle w Mauretanii przystosowały się do życia w regionach pustynnych: okres największej suszy spędzają ukryte w jaskiniach lub jamach w stanie estywacji. Gdy pada, gady gromadzą się zagłębieniach z wodą położonych między skałami, zwanych gueltami^[118].

Dla krokodyli ważna jest też dostępność odpowiednich siedlisk lądowych. Wygrzewają się na nich, gniazdują i chowają się przed ekstremalną temperaturą. Przedstawiciele kilku gatunków budują na lądzie płytkie jamy, by się w nich ochłodzić. Tarzanie się w błocie również pomaga uniknąć przegrzania^[119].

Krokodyle zasiedlają zazwyczaj brzegi rzeki czy jeziora porośnięte przez wilgotny las równikowy oraz namorzyny w estuariach. Lasy mają dla krokodyli wielkie znaczenie, tworząc odpowiednie mikrosiedliska, w których zwierzęta te świetnie prosperują. Korzenie drzew wchłaniają wodę podczas deszczów, uwalniając ją powoli z powrotem do środowiska. Gdy las wycinany jest w celu pozyskania terenów pod pola uprawne, rzeka zamula się, woda szybko spływa, a rzeka może w ogóle wyschnąć w porze suchej i spowodować powódź w porze deszczowej. Wylesianie stanowi dla krokodyli prawdopodobnie zagrożenie większe niż polowania^[120].

Jako bardzo skuteczne drapieżniki krokodyle znajdują się na szczycie łańcucha pokarmowego swych wodnych środowisk^[121]. Kopce gniazd pewnych gatunków tych kręgowców wykorzystywane są przez inne zwierzęta dla własnych celów. Kopce aligatora amerykańskiego wykorzystują żółwie i węże, zarówno do wygrzewania się na słońcu, jak i do składania w nim swych jaj. Żółw Pseudemys nelsoni wyspecjalizował się w tym, a kopce aligatora zawierać mogą kilka lęgów jaj żółwia rozwijających się obok jaj twórcy kopca^[122]. Aligatory mogą modyfikować środowisko mokradeł na równinach, np. w Everglades tworzą one niewielkie stawy, zwane w języku angielskim „alligator holes” („dziury aligatorów”). Powstają dzięki temu bardziej bądź mniej wilgotne siedliska dla innych organizmów, jak rośliny, bezkręgowce, ryby, płazy, gady i ssaki. W depresjach wapiennych bagien cypryśnika zagłębienia te są większe i głębsze. Na marglowych preriach są zazwyczaj mniejsze i płytsze, podczas gdy w depresjach torfowych grzbietów i trzęsawisk są bardziej zróżnicowane. Zagłębienia stworzone przez człowieka nie wydają się wywierać tak dużego efektu na różnorodność biologiczną^[123]. W Amazonii, gdy kajmany znalazły się na krawędzi zagłady z powodu nadmiernych polowań około połowy XX wieku, ilość lokalnie występujących ryb, jak arapaima (Arapaima gigas), także zmalała. Tamtejsze wody są ubogie w składniki odżywcze wody, a mocz i kał kajmanów dostarczały niezbędnych dla roślin składników mineralnych, stymulując tym samym produkcję pierwotną. Dlatego też obecność krokodyli miała pozytywny wpływ na zasoby rybne^[124].

Dorosłe krokodyle wiodą zazwyczaj terytorialny, samotniczy tryb życia. Osobniki mogą bronić miejsc, w których wygrzewają się na słońcu, gniazdują, żywią się, zajmują młodymi i zimują. Samiec krokodyla różańcowego zajmuje całoroczne terytorium, które obejmuje kilka miejsc gniazdowania samic. Pewne gatunki okazjonalnie gromadzą się w grupy, zwłaszcza podczas suszy, gdy różne osobniki zbierają się razem w niewyschniętych zbiornikach wodnych. Przedstawiciele niektórych gatunków mogą w różnych porach dnia dzielić miejsca wygrzewania się na słońcu^[31]. Cztery gatunki krokodyli znane są z tego, że w miejscach, gdzie linia brzegowa jest niekorzystnie ukształtowana, mogą wspinać się na drzewa, aby się wygrzewać na słońcu^[125].

Krokodyle są w większości mięsożercami. Świeżo wyklute krokodyle żywią się bezkręgowcami – głównie owadami i pająkami, po czym przestawiają się na polowanie na płazy i wreszcie ryby^[126]. Dieta dorosłych osobników różnych gatunków zależy od tego, jaki jest kształt ich pyska i ostrość zębów. Gatunki o ostrych zębach i długich, smukłych szczękach, jak gawial gangesowy czy krokodyl australijski, wyspecjalizowały się w polowaniu na ryby, owady i skorupiaki. Natomiast krokodyle o szerokim pysku i tępych zębach, jak aligator chiński i kajman szerokopyski, odżywiają się głównie mięczakami, które mogą mieć twardą muszlę. Gatunki, które paszcze i zęby wykazują cechy pośrednie pomiędzy wymienionymi uprzednio formami, takie jak krokodyl różańcowy czy aligator amerykański, są oportunistami pokarmowymi i żywią się bezkręgowcami, rybami, płazami, innymi gadami, ptakami i ssakami^[27][121].

Na ogół krokodyle polują na ofiary podkradając się do nich i z zasadzki^[27], jednak strategie polowania różnią się w zależności od gatunku polującego i ofiary^[31]. Zwierzęta lądowe drapieżnik wypatruje, czatując na granicy środowisk lądowego i wodnego, by chwycić i zaciągnąć zdobycz pod wodę^[31][127]. Gawiale i inni rybożercy uderzają paszczą na boki, by chwycić zdobycz, potrafią nawet wyskoczyć z wody, by złapać ptaka, nietoperza czy skaczącą rybę^[121]. Małe kręgowce są uśmiercane przez przerwanie rdzenia kręgowego, do którego dochodzi, gdy drapieżnik gwałtownie potrząsa trzymaną w paszczy ofiarą^[127]. Kajmany wykorzystują swe ogony i tułowia do zaganiania ryb na płytsze wody^[31]. Mogą też drążyć w poszukiwaniu zamieszkujących dno zbiornika wodnego bezkręgowców^[49]. Kajman Schneidera poluje także na lądzie^[27]. Niektóre gatunki ptaków preferują gniazdowanie na roślinach rosnących przy zbiornikach wodnych zasiedlanych przez krokodyle, także na krokodylich farmach, gdzie czuły się bezpieczne. Przedstawiciele niektórych gatunków krokodyli (krokodyl błotny, aligator amerykański) polują na ptaki z wykorzystaniem przynęt w postaci patyków. Obserwowano duże osobniki aligatorów, które pozostawały nieruchome na powierzchni wody lub przy brzegu z patykami umieszczonymi na górnej części pyska, czatując na zbierające patyki ptaki. Badacze uważają, że ta strategia polowania, unikatowa wśród gadów, świadczy o dużej plastyczności fenotypowej tych archozaurów, ponieważ obserwowane osobniki stosowały ją jedynie w pobliżu lęgowisk ptaków brodzących i w okresie, kiedy ptaki te poszukują materiału do budowy gniazd^[128]. Krokodyl nilowy znany jest ze współpracy podczas polowania^[31], a kilka osobników może pożywiać się tym samym łupem. Większość gatunków zje wszystko, co się do tego nadaje, w tym padlinę – są oportunistycznymi padlinożercami^[49].

Krokodyle nie potrafią żuć i muszą wobec tego połykać pokarm w całości. Jednak zdobycz zbyt duża, by połknąć ją na jeden raz, jest rozrywana na kawałki. Krokodyle mogą nie poradzić sobie z dużym zwierzęciem o grubej skórze – mogą w takiej sytuacji czekać, aż zacznie się rozkładać, stając się łatwiejsza do rozkawałkowania^[121]. By oderwać kawał tkanki z dużego truchła, drapieżnik po uchwyceniu ofiary szczękami szarpie nią gwałtownie i, nie puszczając, zaczyna obracać się wokół własnej długiej osi ciała tak długo, aż ukręci i wyrwie kawał nadający się do połknięcia (manewr ten nosi po angielsku nazwę „death roll” – „obrót śmierci”)^[129][74]. Takie rozszarpywanie jest wymuszone przez stożkowaty kształt zębów, z tej racji niezdolnych do przecinania mięsa^[74]. Podczas wspólnego pożywiania się niektóre osobniki mogą trzymać ciało zdobyczy, podczas gdy inne wykonują obroty. Zwierzęta nie walczą ze sobą, a każdy z nich odchodzi z kawałem mięsa i czeka na swoją następną kolejkę do jedzenia^[130]. Ze względu na to, że podczas połykania kęsów krtań odsuwa się od nozdrzy wewnętrznych, krokodyle muszą wówczas wysunąć głowę ponad wodę^[74]. Kęs trzymany początkowo czubkiem paszczy jest przesuwany w kierunku podstawy paszczy dzięki szarpnięciom głowy w górę, po czym połykany^[127]. Krokodyl nilowy potrafi przechowywać zwłoki pod wodą w celu ich późniejszej konsumpcji^[49]. Choć krokodyle to mięsożercy, przedstawiciele niektórych gatunków mogą zjadać także owoce, co może odgrywać pewną rolę w rozsiewie nasion^[131].