mikrobiologia ogólna – zajmuje się charakterystyką ogólnych, najbardziej podstawowych pojęć z dziedziny mikrobiologii.Skupisko Escherichia coli powiększone 10 000x
Zajmuje się również aktualizowaniem powyższych danych o osiągnięcia najnowszych badań systematycznych; szczegółowe badanie mikroorganizmów poszczególnych gatunków.
mikrobiologia przemysłowa – dział mikrobiologii dotyczący możliwości wykorzystania drobnoustrojów do procesów przemysłowych (przemysł: chemiczny, farmaceutyczny, kosmetyczny, piekarniczy, browarniczy, winiarski oraz oczyszczanie ścieków). Dziedzina ta zajmuje się wykrywaniem, badaniem i dostosowaniem do przemysłowego wykorzystania metabolicznych procesów, właściwości drobnoustrojów. Mikrobiologia przemysłowa związana jest z biotechnologią
Kamienistość miąższu gruszek - wirusowa choroba roślinmikrobiologia środowiskowa – dotyczy wpływu drobnoustrojów na ożywione i nieożywione elementy środowiska oraz wpływu tych elementów na mikroorganizmy. Zajmuje się badaniem środowisk występowania drobnoustrojów, również tych najbardziej wymagających (słone i gorące jeziora USA, głębiny oceaniczne, pustynie itp.) i opisywaniem właściwości, które umożliwiają im bytowanie w tych często niesprzyjających warunkach. Praktycznie mikrobiologia środowiskowa dostarcza wiadomości jak wykorzystywać drobnoustroje do oczyszczania ścieków, odradzania terenów "jałowych"/ubogich biologicznie;
mikrobiologia sanitarna – bada sposoby rozprzestrzeniania się drobnoustrojów patogennych, odpowiada również za sanityzacje środowiska, dezynfekcje przedmiotów na których to mogą znajdować się niebezpieczne patogeny. Obecnie odgrywa też dużą rolę w ochronie środowiska życia dla ludzi i zwierząt poprzez oznaczanie czystości mikrobiologicznej.
mikrobiologia gleby – bada drobnoustroje w środowisku glebowym